Quando se tem um extenso período de tempo sem logar, pode ocorrer diversos bugs na conta, e um deles é começar a sumir itens/pokémons, então sim, provavelmente é bug mesmo, mas aconselho você a procurar em todos os Depósitos, baus, bags e tudo mais.
Alias, foram acrescentadas algumas novas bags no inventário, uma delas é a Pokeball Bag, é onde fica as suas pokebolas que teem seus pokémons, veja se não está lá.